Betriebsprüfungen gehören für Unternehmer und Freiberufler weiterhin zu den zentralen steuerlichen Risikobereichen. Auch wenn sich die rechtlichen Grundlagen in den vergangenen Jahren nur punktuell geändert haben, zeigt sich in der laufenden Prüfungspraxis, dass Umfang, Tiefe und Formalisierung der Prüfungen stetig zunehmen. Für das Jahr 2026 bedeutet dies, dass Unternehmen gut beraten sind, ihre steuerlichen Prozesse nicht nur inhaltlich korrekt, sondern auch organisatorisch belastbar aufzustellen.
Die Betriebsprüfung beschränkt sich längst nicht mehr auf die reine Kontrolle von Zahlenwerken. Neben der materiellen Richtigkeit der Steuererklärungen rücken zunehmend formelle Aspekte in den Fokus. Die Finanzverwaltung legt verstärkt Wert auf die Nachvollziehbarkeit betrieblicher Abläufe, die Ordnungsmäßigkeit der Buchführung sowie die Einhaltung der gesetzlichen Aufzeichnungs- und Mitwirkungspflichten. Fehler in diesen Bereichen führen häufig unabhängig vom eigentlichen Steuerergebnis zu Hinzuschätzungen oder formellen Beanstandungen.
Ein wesentlicher Schwerpunkt liegt weiterhin auf der Ordnungsmäßigkeit der Buchführung. Digitale Buchhaltungssysteme, elektronische Belegführung und automatisierte Prozesse erleichtern zwar den Arbeitsalltag, erhöhen jedoch zugleich die Anforderungen an Dokumentation und Kontrolle. Prüfer verlangen regelmäßig eine vollständige und aktuelle Verfahrensdokumentation, aus der hervorgeht, wie Geschäftsvorfälle entstehen, verarbeitet, gespeichert und archiviert werden. Fehlt eine solche Dokumentation oder ist sie nicht schlüssig, wird häufig die formelle Ordnungsmäßigkeit der Buchführung in Frage gestellt.
Besondere Aufmerksamkeit gilt dabei den digitalen Schnittstellen. Die Finanzverwaltung nutzt im Rahmen der Betriebsprüfung zunehmend standardisierte Datenzugriffe, um Buchführungsdaten auszuwerten. Unvollständige Datenexporte, fehlende Verknüpfungen zwischen Belegen und Buchungssätzen oder nachträgliche Änderungen an Datensätzen führen regelmäßig zu Rückfragen und Beanstandungen. Auch die Einhaltung der gesetzlichen Aufbewahrungsfristen wird intensiv geprüft, insbesondere bei elektronisch gespeicherten Unterlagen.
Ein weiterer Prüfungsschwerpunkt betrifft umsatzsteuerliche Sachverhalte. Hierzu zählen insbesondere die Ordnungsmäßigkeit von Ausgangs- und Eingangsrechnungen, der Vorsteuerabzug sowie innergemeinschaftliche Leistungen und Lieferungen. Seit der Einführung der E-Rechnung ist zudem verstärkt zu beobachten, dass Prüfer die technischen und organisatorischen Prozesse der Rechnungsverarbeitung hinterfragen. Fehlerhafte Rechnungen, unzureichende Prüfprozesse oder fehlende Nachweise führen häufig zu Vorsteuerkürzungen, selbst wenn die zugrunde liegenden Leistungen unstreitig erbracht wurden.
Auch im Bereich der Kassenführung bleibt die Prüfungsintensität hoch. Unternehmen mit Bargeschäften müssen weiterhin mit detaillierten Prüfungen rechnen, bei denen sowohl technische als auch organisatorische Aspekte betrachtet werden. Unstimmigkeiten zwischen Kassenaufzeichnungen, tatsächlichen Beständen und Buchführung führen regelmäßig zu Hinzuschätzungen. Die Erfahrung zeigt, dass selbst kleinere formelle Mängel das Vertrauen der Prüfer in die Ordnungsmäßigkeit der gesamten Buchführung erschüttern können.
Nicht zu unterschätzen sind zudem die lohnsteuerlichen Aspekte der Betriebsprüfung. Prüfer nehmen regelmäßig die Behandlung von geldwerten Vorteilen, Reisekosten, Bewirtungen und sonstigen Arbeitnehmerleistungen in den Blick. Fehlerhafte Einstufungen oder unvollständige Nachweise führen häufig zu Nachforderungen, die den Arbeitgeber treffen. Besonders problematisch ist, dass solche Fehler häufig über mehrere Jahre hinweg unentdeckt bleiben und sich dadurch erhebliche Beträge summieren.
Für Unternehmen stellt sich daher nicht nur die Frage, ob ihre Steuererklärungen inhaltlich korrekt sind, sondern auch, ob ihre internen Prozesse einer Prüfung standhalten. Eine Betriebsprüfung ist stets auch eine Prüfung der Organisation. Unklare Zuständigkeiten, fehlende Kontrollmechanismen oder unzureichende Dokumentationen erhöhen das Risiko von Beanstandungen erheblich. Dabei spielt es keine Rolle, ob Fehler vorsätzlich oder unbewusst entstanden sind.
Für das Jahr 2026 ist davon auszugehen, dass die Finanzverwaltung ihre Prüfungsstrategie weiter auf datenbasierte Analysen und formelle Ordnungsmäßigkeit ausrichtet. Unternehmen sollten daher nicht erst bei Ankündigung einer Betriebsprüfung reagieren, sondern ihre steuerlichen Prozesse laufend überprüfen. Eine frühzeitige Identifikation von Schwachstellen ermöglicht es, Risiken zu minimieren und Beanstandungen vorzubeugen.
Praxistipp: Unternehmer sollten regelmäßig interne Prüfungen ihrer Buchführungs- und Dokumentationsprozesse durchführen oder durchführen lassen. Eine aktuelle Verfahrensdokumentation, klar definierte Zuständigkeiten und nachvollziehbare Abläufe sind zentrale Voraussetzungen für eine erfolgreiche Betriebsprüfung. Gerade vor dem Hintergrund zunehmender Digitalisierung ist es sinnvoll, bestehende Prozesse kritisch zu hinterfragen und gegebenenfalls anzupassen.
Die Betriebsprüfung beschränkt sich längst nicht mehr auf die reine Kontrolle von Zahlenwerken. Neben der materiellen Richtigkeit der Steuererklärungen rücken zunehmend formelle Aspekte in den Fokus. Die Finanzverwaltung legt verstärkt Wert auf die Nachvollziehbarkeit betrieblicher Abläufe, die Ordnungsmäßigkeit der Buchführung sowie die Einhaltung der gesetzlichen Aufzeichnungs- und Mitwirkungspflichten. Fehler in diesen Bereichen führen häufig unabhängig vom eigentlichen Steuerergebnis zu Hinzuschätzungen oder formellen Beanstandungen.
Ein wesentlicher Schwerpunkt liegt weiterhin auf der Ordnungsmäßigkeit der Buchführung. Digitale Buchhaltungssysteme, elektronische Belegführung und automatisierte Prozesse erleichtern zwar den Arbeitsalltag, erhöhen jedoch zugleich die Anforderungen an Dokumentation und Kontrolle. Prüfer verlangen regelmäßig eine vollständige und aktuelle Verfahrensdokumentation, aus der hervorgeht, wie Geschäftsvorfälle entstehen, verarbeitet, gespeichert und archiviert werden. Fehlt eine solche Dokumentation oder ist sie nicht schlüssig, wird häufig die formelle Ordnungsmäßigkeit der Buchführung in Frage gestellt.
Besondere Aufmerksamkeit gilt dabei den digitalen Schnittstellen. Die Finanzverwaltung nutzt im Rahmen der Betriebsprüfung zunehmend standardisierte Datenzugriffe, um Buchführungsdaten auszuwerten. Unvollständige Datenexporte, fehlende Verknüpfungen zwischen Belegen und Buchungssätzen oder nachträgliche Änderungen an Datensätzen führen regelmäßig zu Rückfragen und Beanstandungen. Auch die Einhaltung der gesetzlichen Aufbewahrungsfristen wird intensiv geprüft, insbesondere bei elektronisch gespeicherten Unterlagen.
Ein weiterer Prüfungsschwerpunkt betrifft umsatzsteuerliche Sachverhalte. Hierzu zählen insbesondere die Ordnungsmäßigkeit von Ausgangs- und Eingangsrechnungen, der Vorsteuerabzug sowie innergemeinschaftliche Leistungen und Lieferungen. Seit der Einführung der E-Rechnung ist zudem verstärkt zu beobachten, dass Prüfer die technischen und organisatorischen Prozesse der Rechnungsverarbeitung hinterfragen. Fehlerhafte Rechnungen, unzureichende Prüfprozesse oder fehlende Nachweise führen häufig zu Vorsteuerkürzungen, selbst wenn die zugrunde liegenden Leistungen unstreitig erbracht wurden.
Auch im Bereich der Kassenführung bleibt die Prüfungsintensität hoch. Unternehmen mit Bargeschäften müssen weiterhin mit detaillierten Prüfungen rechnen, bei denen sowohl technische als auch organisatorische Aspekte betrachtet werden. Unstimmigkeiten zwischen Kassenaufzeichnungen, tatsächlichen Beständen und Buchführung führen regelmäßig zu Hinzuschätzungen. Die Erfahrung zeigt, dass selbst kleinere formelle Mängel das Vertrauen der Prüfer in die Ordnungsmäßigkeit der gesamten Buchführung erschüttern können.
Nicht zu unterschätzen sind zudem die lohnsteuerlichen Aspekte der Betriebsprüfung. Prüfer nehmen regelmäßig die Behandlung von geldwerten Vorteilen, Reisekosten, Bewirtungen und sonstigen Arbeitnehmerleistungen in den Blick. Fehlerhafte Einstufungen oder unvollständige Nachweise führen häufig zu Nachforderungen, die den Arbeitgeber treffen. Besonders problematisch ist, dass solche Fehler häufig über mehrere Jahre hinweg unentdeckt bleiben und sich dadurch erhebliche Beträge summieren.
Für Unternehmen stellt sich daher nicht nur die Frage, ob ihre Steuererklärungen inhaltlich korrekt sind, sondern auch, ob ihre internen Prozesse einer Prüfung standhalten. Eine Betriebsprüfung ist stets auch eine Prüfung der Organisation. Unklare Zuständigkeiten, fehlende Kontrollmechanismen oder unzureichende Dokumentationen erhöhen das Risiko von Beanstandungen erheblich. Dabei spielt es keine Rolle, ob Fehler vorsätzlich oder unbewusst entstanden sind.
Für das Jahr 2026 ist davon auszugehen, dass die Finanzverwaltung ihre Prüfungsstrategie weiter auf datenbasierte Analysen und formelle Ordnungsmäßigkeit ausrichtet. Unternehmen sollten daher nicht erst bei Ankündigung einer Betriebsprüfung reagieren, sondern ihre steuerlichen Prozesse laufend überprüfen. Eine frühzeitige Identifikation von Schwachstellen ermöglicht es, Risiken zu minimieren und Beanstandungen vorzubeugen.
Praxistipp: Unternehmer sollten regelmäßig interne Prüfungen ihrer Buchführungs- und Dokumentationsprozesse durchführen oder durchführen lassen. Eine aktuelle Verfahrensdokumentation, klar definierte Zuständigkeiten und nachvollziehbare Abläufe sind zentrale Voraussetzungen für eine erfolgreiche Betriebsprüfung. Gerade vor dem Hintergrund zunehmender Digitalisierung ist es sinnvoll, bestehende Prozesse kritisch zu hinterfragen und gegebenenfalls anzupassen.
